一度ローカルからプロジェクトを消した上で、以下のようにcloneし直すことで解決します。
git clone -c core.symlinks=true https://github.com/<your_name_here>/<your_repository_here>
参考にさせて頂いたサイト
文脈
自分はokioをビルドしようとしてこの問題に当たりました。
【Gradle】Windows環境でorg.gradle.api.InvalidUserDataException: Source directory ... is not a directory.になる問題への対処
